Le Parc national de Port-Cros est constitué des l’îles de Port-Cros et de Porquerolles et des 5 communes adhérentes du littoral Varois. L’ensemble du territoire mêle ainsi caps, criques et îlots, un maquis dense, des forêts de pins et de chênes et un littoral tantôt rocheux, tantôt sédimentaire. Au large, les fonds marins peuvent atteindre jusqu’à 2 500 m de profondeur au canyon des Stœchades.

Les grands fonds, riches en nourriture, favorisent la présence de grands cétacés comme le rorqual commun, deuxième plus grand animal du monde, et le dauphin. Le milieu marin tire également son originalité de ses deux habitas emblématiques : l’herbier de posidonie et le coralligène. Plus de 180 espèces de poissons et de nombreux invertébrés y trouvent refuges comme le mérou brun, le chapon et le barracuda. Escale privilégiée pour les oiseaux migrateurs, le site est un lieu de vie pour des oiseaux rares en Méditerranée, comme les puffins. À terre, la flore est typiquement méditerranéenne et compte de nombreuse espèces rares ou protégées, ainsi que des variétés fruitières anciennes menacées. Le territoire abrite également des espèces terrestres endémiques comme le discoglosse sarde et le phyllodactyle d’Europe.

Très attractif, le territoire fait face en été à une forte fréquentation touristique. Sur ce littoral soumis à des pressions d'usages considérables, le site doit sans cesse innover pour sauvegarder ou restaurer la qualité exceptionnelle de ses écosystèmes et de ses paysages, et les transmettre aux générations futures. Le cœur du Parc national abrite ainsi la réserve intégrale des îlots de Port-Cros, Bagaud, la Gabinière et le Rascas. Créée en mai 2007, interdite d'accès et vouée à la recherche, elle est la deuxième réserve intégrale d'un parc national français, après celle du Lauvitel.